Да, в таможенной практике счет-фактура и инвойс - синонимы, и вполне упоминаются в значении "подробный (по каждой позиции ввозимого товара) счет иностранного поставщика" даже в официальных документах ГТК.
К примеру - ...счет-фактура (инвойс)..