Насколько я понимаю, "системный анализ" - это анализ систем. А "систематический анализ" - это анализ, осуществляемый по некоей системе (по определенному плану, в определенные сроки, определенными людьми), а не абы как. С использованием систематического подхода, систематическими методами. Хотя, может я и не прав. Но я всегда пишу "систематический" и мое чувство языка не против :)